ฝ่ายโครงการพิเศษ บทบาท หน้าที่ และความรับผิดชอบ ประกอบด้วย 4 แผนก ดังนี้

1. ศูนย์ปฏิบัติการประชาคมอาเซียน (AEC) และเขตเศรษฐกิจพิเศษ เป็นการเตรียมแผนการพัฒนาเขตเศรษฐกิจพิเศษ โดยมีวัตถุประสงค์สำคัญให้เกิดการกระจายความเจริญสู่ภูมิภาคโดยใช้โอกาสจากอาเซียน ลดความเหลื่อมล้ำทางรายได้ ยกระดับคุณภาพชีวิตของเกษตรกร และเสริมสร้างความมั่นคง รวมทั้ง เพิ่มความสามารถในการแข่งขันและการเชื่อมโยงกับประเทศเพื่อนบ้าน  กิจกรรมที่ต้องการพัฒนาในพื้นที่ โครงสร้างพื้นฐานที่ต้องการได้รับการพัฒนา และสิทธิประโยชน์ด้านการลงทุนที่ต้องการได้รับการสนับสนุน โดยข้อเสนอดังกล่าวต้องผ่านกระบวนการมีส่วนร่วมของเกษตรกรและภาคส่วนต่าง ๆ ในพื้นที่
2. ศูนย์ธุรกิจเกษตร ชสท. จังหวัดพระนครศรีอยุธยา  ศูนย์ธุรกิจการเกษตรชุมนุมสหกรณ์การเกษตรแห่งประเทศไทย จำกัด (ชสท.) จังหวัดพระนครศรีอยุธยาเป็นการเชื่อมโยงธุรกิจครบวงจรของ  ชสท. ซึ่งมีพื้นที่  31  ไร่  50  ตารางวา ประกอบด้วย

• • คลังสินค้า
  • ท่าเทียบเรือ  สามารถใช้เทียบเรือได้ เพื่อขนถ่ายสินค้าประเภทเกษตร
  • เครื่องชั่งมาตรฐาน 
  • มีโกรกสูง ขนถ่ายสินค้าลงเรือลำเลียงได้สะดวก รวดเร็ว และลดการสูญหายของสินค้า ลดฝุ่นการฟุ้งกระจาย เพื่อรักษาสิ่งแวดล้อมร่วมกับชุมชน

3. แผนกธุรกิจเกษตรและงานโครงการ  ธุรกิจเกษตรและงานโครงการ เป็นแผนกที่ดำเนินธุรกิจในการจัดหาปัจจัยการผลิตตามนโยบายที่รัฐบาลให้ความช่วยเหลือเกษตรกร ทั้งด้านเคมีเกษตร เครื่องจักร เครื่องมือทางการเกษตร พันธุ์กล้าไม้  ซึ่งหน่วยงานของรัฐทั้งส่วนกลาง และส่วนภูมิภาคให้ความไว้วางในใจสินค้า ของ ชสท.

4. แผนกธุรการ

• • รับ-ส่งเอกสาร
  • จัดเก็บเอกสารทางด้านงานธุรการ
  • ร่างโต้ตอบหนังสือทั่วไป
  • ดำเนินงานเกี่ยวกับงานการเงินและดูแลการเบิกจ่ายวัสดุสำนักงานของฝ่ายโครงการพิเศษ
  • ประสานงานทั่วไปกับหน่วยงานต่าง ๆ ทั้งภายในและภายนอก
  • งานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย